前述通り『日本書紀』によれば、 欽明天皇は庶兄・宣化天皇が崩御した後即位したとされているが、 同書の紀年には幾つかの矛盾が見られ、 それを解決するための議論がいくつか提示されてきた。
まず、平子鐸嶺は父の継体天皇の没年を『古事記』の西暦527年（丁未年4月9日）とし、
その後2年ずつ安閑・宣化が在位して、
『日本書紀』での継体天皇の没年（継体天皇廿五年春二月丁未）にあたる西暦531年に欽明天皇が即位したと主張した。
これにたいして喜田貞吉は欽明の即位年は西暦531年という点では同意するが、
彼の即位を認めなかった勢力が3年後の西暦534年に安閑を擁立、
彼は1年で崩御したが、
続いて宣化を擁立する等欽明朝と安閑・宣化朝は一時並立し、
宣化の崩御により解消されたと主張した。
林屋辰三郎も大筋では喜田説に同意するが、継体天皇は暗殺されたと主張した。
また、水野祐 (歴史学者)・白崎昭一郎は継体天皇の没年については平子説に同意するが、 水野はその後は安閑が8年間在位し、 西暦535年に欽明が即位、 宣化は架空の人物と見なし、 白崎は安閑の在位は4年でその後はさらに4年宣化・欽明両朝が並立したとみなした。
これに対して黒岩重吾は『日本書紀』継体天皇廿五年での『百済本記』引用「百濟本記爲文 其文云 大歳辛亥三月 軍進至于安羅 營乞乇城 是月 高麗弑其王安 又聞 日本天皇及太子皇子 倶崩薨 由此而言 辛亥之歳 當廿五年矣」天皇および太子、 皇子が同時に死んだという記述等を根拠にそれぞれ実際には即位していない安閑・宣化は暗殺・軟禁され、 大伴金村は任那4県を賄賂と引き換えに割譲したことではなく、 彼ら庶兄を推したために後継者争いに敗れて失脚したと主張した。
これらのうち、
並立説については史料的根拠に乏しい事等を理由に反対する意見もあるが、
もし『日本書紀』・水野説以外のいずれかが正しければ、
欽明天皇は現在の皇室から少なくとも遡れる継体天皇以降の歴代天皇では昭和天皇・明治天皇に次いで長く在位したことになる。
しかし、いずれも推測の域を出ないのが現状である。
都は磯城島金刺宮（しきしまのかなさしのみや、現在の奈良県桜井市金屋・外山）。『古事記』に「師木島大宮」とある。
西暦2010年6月3日に奈良県立橿原考古学研究所が桜井市にある脇本遺跡にて大型建物跡などが出土したと発表。 6世紀後半から7世紀にかけてのものであるため、 欽明天皇の宮殿ではないかと推測されている。
陵（みささぎ）は、 宮内庁により奈良県高市郡明日香村大字平田にある檜隈坂合陵（桧隈坂合陵：ひのくまのさかあいのみささぎ）に治定されている。 宮内庁上の形式は前方後円。 遺跡名は「梅山古墳（平田梅山古墳）」で、墳丘長140メートルの前方後円墳である。
『古事記』には記載なし。 『日本書紀』『延喜式』には「檜隈坂合陵」とある。 比定には、橿原市の見瀬丸山古墳（五条野丸山古墳）とする説もある。 なお、檜隈坂合陵には後に西暦612年（推古天皇20年）に堅塩媛が改葬されている。
また皇居では、皇霊殿（宮中三殿の1つ）において他の歴代天皇・皇族とともに天皇の霊が祀られている。