崩御に至るまでの経緯
西暦1867年1月16日（
慶応2年12月11日）、
風邪気味であった孝明天皇は、
宮中で執り行われた神事に医師たちが止めるのを押して参加し、
翌1月17日（旧暦翌12日）に発熱する。
天皇の持病である肛門脱を長年にわたって治療していた典薬寮の外科医・伊良子光順の日記によれば、
孝明天皇が発熱した1月17日（旧暦12日）、
執匙（天皇への処方・調薬を担当する主治医格）であった高階経由が診察して投薬したが、
翌18日（旧暦13日）になっても病状が好転しなかった。
翌19日（旧暦14日）以降、
伊良子光順など他の典薬寮医師も次々と召集され、
昼夜詰めきりでの診察が行われた。
1月21日（旧暦慶応2年12月16日）、
高階経由らが改めて診察した結果、
天皇が痘瘡（天然痘）に罹患している可能性が浮上する。
執匙の高階は痘瘡の治療経験が乏しかった為、
経験豊富な小児科医2名を召集して診察に参加させた結果、
いよいよ痘瘡の疑いは強まり、
翌22日（旧暦17日）に武家伝奏などへ天皇が痘瘡に罹ったことを正式に発表した。
これ以後、天皇の拝診資格を持つ医師総勢15人により、
24時間交代制での治療が始まった。
『孝明天皇紀』によれば、
医師たちは天皇の病状を「御容態書」として定期的に発表していた。
この「御容態書」における発症以降の天皇の病状は、
一般的な痘瘡患者が回復に向かってたどるプロセスどおりに進行していることを示す「御順症」とされていた。
伊良子光順の日記における12月25日（新暦1月30日）の条には「天皇が痰がひどく、他の医師二人が体をさすり、
光順が膏薬を貼り、
他の医師たちも御所に昼夜詰めきりであったが、
同日亥の刻（午後11時）過ぎに崩御された」と記されている。
中山忠能の日記にも、
「御九穴より御脱血」等という娘の慶子から報じられた壮絶な天皇の病状が記されているが、
崩御の事実は秘され、
実際には命日となった1月30日（旧暦25日）にも、
「益御機嫌能被成為候（ますますご機嫌がよくなられました）」という内容の「御容態書」が提出されている。
天皇の崩御が公にされたのは2月3日（旧暦29日）になってからのことだった。
執匙（しっし/しっぴ）
執匙（しっし / しっぴ）
読みは「しっし」と「しっぴ」が検索できた。
「しっぴ」の根拠は検索できなかったが、
「しっし」の根拠は「
京都大学貴重資料デジタルアーカイブ」にあった。
主に漢方医学において、
医師が匙（さじ＝薬さじ）を持って薬を調合する、
あるいは具体的な治療（投薬）を執り行うことを意味する言葉。
「診察は行うが、最終的な薬の処方・投薬は他の医師に任せる」といった文脈で使われる。
毒殺説
孝明天皇は前述の通り悪性の痔（肛門脱）に長年悩まされていたが、
それ以外では至って壮健であり、
前出の『中山忠能日記』にも「近年御風邪抔一向御用心モ不被為遊御壮健ニ被任趣存外之儀恐驚（近年御風邪の心配など一向にないほどご壮健であらせられたので、痘瘡などと存外の病名を聞いて大変驚いた）」との感想が記されている。
なお、御所を警護していた江戸幕府による声明は無く、
孝明天皇の没後に即位した明治天皇の摂政には、
徳川慶喜の従兄弟である二条斉敬が就任した為、
幕府上層部では毒殺説が唱えられることは無かった。
その後、明治維新を経て、
皇室に関する疑惑やスキャンダルの公言はタブーとなり、
学術的に孝明天皇の死因を論ずることも長く封印された。
一方で、
西暦1909年（
明治42年）に伊藤博文を暗殺した安重根が伊藤の罪として孝明天皇殺害をあげたり、
大正天皇・貞明皇后に仕えた元女官・坂東登女子が宮中でも孝明天皇殺害説が語られていたことを示唆する発言をしているなど、
噂は消えずに流れ続けていた。
また
西暦1940年（
昭和15年）7月、
日本医史学会関西支部大会の席上において、
京都の産婦人科医で医史学者の佐伯理一郎が「天皇が痘瘡に罹患した機会を捉え、岩倉具視がその妹の女官・堀河紀子を操り、天皇に毒を盛った」という旨の論説を発表している。
ただし、堀河紀子は
西暦1862年（
文久2年）には霊鑑寺に出家しており、
孝明天皇が没した年には御所にいなかった。
第二次世界大戦後に、
皇国史観を背景とした言論統制が消滅すると、
変死説が論壇に出てくるようになった。
最初に学問的に暗殺説を論じたのは、
「孝明天皇は病死か毒殺か」「孝明天皇と中川宮」などの論文を発表した歴史学者・禰津正志（ねずまさし）である。
禰津は、医師達が発表した「御容態書」が示すごとく天皇が順調に回復の道をたどっていたところが、
一転急変して苦悶の果てに崩御したことを鑑み、
その最期の病状からヒ素による毒殺の可能性を推定。
また犯人も戦前の佐伯説と同様に、
岩倉首謀・堀河実行説を唱えた。
次いで
西暦1975年（
昭和50年）から
西暦1977年（
昭和52年）にかけ、
前述の伊良子光順の拝診日記が、
滋賀県で開業医を営む親族の伊良子光孝によって『滋賀県医師会報』に連載された。
この日記の内容そのものはほとんどが客観的な記述で構成され、
天皇の死因を特定できるような内容が記されているわけでもなく、
伊良子光順自身が天皇の死因について私見を述べているようなものでもない。
だがこれを発表した伊良子光孝は、
断定こそ避けているものの、
禰津と同じくヒ素中毒死を推察させるコメントを解説文の中に残した。
孝明天皇暗殺説を唱えるもののごく一部（鹿島曻など）はさらに睦仁親王暗殺説を唱えることがある。
即ち
明治天皇は睦仁親王に成り代わって即位した別人（大室寅之祐）であるという説である（天皇すり替え説を参照）。
当初この論を主張した鹿島の説では、
大室は南朝の末裔であるなどとし、
いくつかの理由が示されたが、
いずれも事実無根であり、
学会では議論の対象にすらなっていない。
現在、この説は陰謀論の一つとなっている。
すり替え論の論議が進むと、鹿島のあずかり知らぬままに、
根拠もなく大室は長州（山口県）の田布施地区出身であるなど唱えられ、
この陰謀論は迷走を続けている。
毒殺説に対する反論
西暦1989年（
平成元年）から
西暦1990年（
平成2年）にかけ、
当時名城大学商学部教授であった原口清が2つの論文を発表する。
「孝明天皇の死因について」､
「孝明天皇は毒殺されたのか」というタイトルが付けられたこれらの論文の中で原口は、
- 12月19日（新暦1月24日）までは紫斑や痘疱が現れていく様子を比較的正確にスケッチしていた「御容態書」が、それ以降はなぜか抽象的表現をもって順調に回復しているかのような記載に変わっていくこと
- 12月19日までの「御容態書」や、当時天皇の側近くにあった中山慶子の19日付け書簡に記された天皇の症状が、悪性の紫斑性痘瘡のそれと符合すること
- 中山慶子の12月23日（新暦1月28日）付け書簡では、楽観的な内容の「御容態書」を発表する医師たちが、実は天皇が予断を許さない病状にあり、数日中が山場である旨を内々に慶子へ説明していること
などから、医師たちによる「御容態書」の、
特に20日（新暦1月25日）以降に発表されたものの内容についてその信憑性を否定し、
これまでの毒殺説の中において根拠とされていた「順調な回復の途上での急変」という構図は成立しないことを説明。
その上で、孝明天皇は紫斑性痘瘡によって崩御したものだと断定的に結論付けた。
また原口は別に記した論文の中で、
諸史料の分析から岩倉が慶応2年12月（新暦の
西暦1867年1月から2月）の段階では「倒（討）幕」の意思を持っていなかったこと、
孝明天皇の崩御が岩倉の中央政界復帰に直接結びついていないことなどを指摘し、
岩倉が天皇暗殺を企てていたとする説についても否定した。
陵（みささぎ）は、
宮内庁により京都府京都市東山区今熊野泉山町の泉涌寺内にある後月輪東山陵（のちのつきのわのひがしやまのみささぎ）に治定されている。
宮内庁上の形式は円丘。
孝明天皇の埋葬にあたっては、
文久の修陵事業で活躍した山陵奉行・戸田忠至（ただゆき）の建言を受け、
従来の仏式葬の石塔から古式に改められ、
歴代天皇墓所の泉涌寺裏山に、
円墳を模した現陵が築かれた。
ただし、葬儀そのものは泉涌寺において仏式で営まれた。
歴代天皇で最後に仏式で葬儀が営まれた天皇となった。
皇居では、
皇霊殿（宮中三殿の1つ）において他の歴代天皇・皇族とともに祀られている。
また、平安京最初の天皇・
桓武天皇を祀る平安神宮へ、
平安京最後の天皇として
西暦1940年（
昭和15年、皇紀2600年）に合祀された。
そのほか、愛知県武豊町の玉鉾神社に祀られている。
後月輪東山陵（のちのつきのわのひがしやまのみささぎ）
