.png "天皇の系譜（第106代から第118代)")
即位 永正14年（1517年）5月29日、後奈良天皇の第一皇子として生まれる。 弘治3年（1557年）、後奈良天皇の崩御に伴って践祚した。当時、天皇や公家達は貧窮しており、正親町天皇も即位後約2年もの間即位の礼を挙げられなかったが、永禄2年（1559年）春に安芸国の戦国大名・毛利元就から即位料・御服費用の献納を受けたことにより、永禄3年（1560年）1月27日に即位の礼を挙げることが出来た[1][注釈 1]。 さらに、本願寺法主・顕如も莫大な献金を行っており、天皇から門跡の称号を与えられた。これ以後、本願寺の権勢が増した。永禄8年（1565年）には、キリスト教宣教師の京都追放を命じた。 織豊政権との関係 朝廷の財政は逼迫し、権威も地に落ちかけていた。永禄11年（1568年）、織田信長は、正親町天皇を保護するという大義名分により、京都を制圧した[5]。 この上洛によって、皇室の危機的状況に変化が訪れていた。信長は、逼迫していた朝廷の財政を様々な政策や自身の援助により回復させた。一方で、天皇の権威を用い、信長の敵対勢力に対する度重なる講和の勅命を実現させた[6]。元亀元年（1570年）の朝倉義景・浅井長政との戦い、天正元年（1573年）の足利義昭との戦い、天正8年（1580年）の石山本願寺との戦いにおける講和は、いずれも正親町天皇の勅命によるものである（ただし、本願寺との和議は本願寺側からの依頼という説もある）。その間の天正2年（1574年）には、信長に蘭奢待の切り取りを許可し、天正5年（1577年）には信長の生前の極官となる右大臣を宣下した。 イエズス会の宣教師は、日本には正親町天皇と織田信長の2人の統治者がいると報告書に記述した[7]。フランシスコ・ザビエルの後任である布教責任者のコスメ・デ・トーレスは、1570年（元亀元年）に、日本の権権分離を以下のように報告している[8]。 日本の世俗国家は、ふたつの権威、すなわちふたりの貴人首長によって分かたれている。ひとりは栄誉の授与にあたり、他は権威・行政・司法に関与する。どちらの貴人も〈みやこ〉に住んでいる。栄誉に関わる貴人は〈おう〉と呼ばれ、その職は世襲である。民びとは彼を偶像のひとつとしてあがめ、崇拝の対象としている。 豊臣氏へ政権が移った後も、豊臣秀吉は御料地や黄金を献上し、正親町天皇を政権の後ろ楯とした。当時、秀吉は中国・朝鮮や東南アジアへの進出という壮大な野望を抱いていた（文禄の役）。明を征服した暁には「叡慮」を明に移し、その後の「日本帝位の儀」をはじめとした朝廷人事についても構想していたとされる[9]。この計画は朝鮮出兵での失敗によって頓挫したものの、その後も皇室と織豊政権の相互関係は続き、結果的に皇室の権威は高まった。 天正14年（1586年）、孫の和仁（かずひと）親王（後陽成天皇）に譲位して仙洞御所に隠退した。文禄2年（1593年）1月5日に崩御した。享年77。
信長が譲位を要求したとする説 正親町天皇は天正元年（1573年）頃から信長にその存在を疎まれるようになる。そして、たびたび譲位を要求されるようになる。同年12月8日の『孝親日記』にその事が記されている。また、2年後には譲位後に居住する仙洞御所の予定地を探していたともされた。信長としては、儲君の誠仁親王を早く天皇にすることで、より朝廷の権威を利用しやすいものにしようという思惑があったようである。しかし、天皇はそれを最後まで拒んだ。ちなみに本能寺の変に関する一説として朝廷関与説が浮上するのも、このような事情によるものである。 信長が譲位に反対したとする説 上記の説とは違い、 正親町天皇が譲位を希望して信長がこれに反対していたという説もある。 朝廷の内部資料（清涼殿に仕える女官の日誌）である『お湯殿の上の日記』によると、 天正9年（1581年）信長が京都で大規模な馬揃えを行った直後の3月9日に、 正親町天皇から退位の意向が信長に伝えられた。 同年3月24日に譲位がいったん朝議で決定されて、 この事を「めでたいめでたい」とまで記されている。 それにもかかわらず、 『兼見卿記』4月1日の条に、 一転中止になったと記されている。 これは前述のように当時は仙洞御所が無く、 天皇・信長のどちらかが譲位を希望したとしても、 「退位後の生活場所」という現実的な問題から何らかの形式で仙洞御所を用意できない限りは譲位は困難であった（後年の正親町天皇の譲位においては、それに先立って豊臣秀吉が仙洞御所を造営している）。 だが、譲位に関する諸儀式や退位後の上皇の御所の造営などにかかる莫大な経費を捻出できる唯一の権力者である信長が、 譲位に同意しなかったからとするのが妥当とされている（戦国時代に在位した3代の天皇が全て譲位をすることなく崩御しているのは、譲位のための費用が朝廷になかったからである）。 天正元年の時点で、 正親町天皇は57歳（同9年には65歳）、 誠仁親王は22歳（同30歳）である。 天正9年の時点では、 天皇の病気の記事が頻出するようになる。 つまり、譲位を行う好機にさしかかっていた。 それにもかかわらず、 信長が譲位に関して積極的な行動を取らなかったのは、 むしろ譲位に消極的だったからではないかという。
陵（みささぎ）は、宮内庁により京都府京都市伏見区深草坊町にある深草北陵（ふかくさのきたのみささぎ）に治定されている。宮内庁上の形式は方形堂。 また皇居では、皇霊殿（宮中三殿の1つ）において他の歴代天皇・皇族とともに天皇の霊が祀られている。 灰塚が京都府京都市東山区今熊野泉山町の泉涌寺内にある月輪陵（つきのわのみささぎ）にある。