.png "天皇の系譜（第106代から第118代)")
承応3年（1654年）、 長兄後光明天皇の崩御以前にその養嗣子に入り、 儲君となる。 当時、後光明天皇が余りにも急な死に方をしたために毒殺と噂され、 天皇による高貴宮（後の霊元天皇）の養子縁組の意思表示の有無が疑問とされたが、 後光明天皇の側近らは天皇が高貴宮の誕生直後より万一に備えて縁組の意向を表明していたと主張している（『宣順公記』承応3年10月17日条）。 また、高貴宮の生母が後光明天皇の母方の従妹であることや当時目ぼしい親王が全て宮家を継承するか寺院に入ってしまったために唯一将来が定まっていなかった男子皇族が高貴宮以外にいなかった事から、 高貴宮が養嗣子として将来の皇位継承に備えるのが当時としては一番妥当な判断であったと考えられる。 万治元年（1658年）1月に親王宣下をおこなった。 寛文2年（1662年）12月に元服し、 翌3年（1663年）1月、 兄の後西天皇から譲位されて践祚した。 治世の最初は父である後水尾法皇が院政を行っていたが、 延宝8年（1680年）、 後水尾法皇の崩御後は直接政務を執った。 後水尾法皇は将軍徳川家綱の了承を得て、 幼い天皇に代わって摂政・鷹司信房が武家伝奏の飛鳥井雅章と正親町実豊と共に官位叙任を取り決めるように命じ、 両伝奏の辞任後は摂関家の九条兼晴と近衛基熈が関与した[1]。 霊元天皇は親政を開始すると、父の遺した路線を一歩進めて皇室再興と独自の政策展開を目指したために幕府と距離をとることが多く、 この時代、「親幕派」と認められた公卿は徹底的に冷遇された。 また、性格的に奔放な部分があり、 側近の若い公家たちとともに問題行動を起こすこともあり、こ れを諌めた公卿が勅勘などの処分を受ける事例があった。 寛文9年（1669年）には武家伝奏正親町実豊らの排除を画策し（翌年蟄居）、 寛文11年（1671年）には側近とともに宮中で花見の宴を開いて泥酔する事件を起こしている。 天和元年（1681年）、 法皇の遺命により儲君に内定していた第一皇子の一宮（後の済深法親王）を強引に出家させ、 これに反対する一宮の外祖父小倉実起を佐渡に流刑にする「小倉事件」を引き起こす。 次いで同2年（1682年）、 鷹司房輔が関白を辞した際には本来の順序ならば左大臣である近衛基熙を関白に任じるべきところを、 霊元天皇は彼が小倉事件における自分の措置に対して批判的であると睨んでいたため、 これを無視して右大臣の一条冬経（兼輝）を越任させるという贔屓の人事を行って、 京都所司代稲葉正往を驚愕させた。 同3年（1683年）には、 意中の皇位継承者であった朝仁親王（後の東山天皇）の立太子礼が行われ長く中断していた皇太子の称号を復活させた。 ただしこの時期の将軍であった徳川綱吉は朝廷尊重を掲げていたため、 朝幕関係は比較的安定していた。 貞享4年（1687年）に朝仁親王（東山天皇）へ譲位し、 太上天皇となった後、 仙洞御所に入って院政を開始し（以後仙洞様とよばれるようになる）、 その年には同じく長年中断していた新天皇の大嘗祭を行う。 これは関白及び禁中並公家諸法度を利用して朝廷の統制を図ろうしていた江戸幕府を強く刺激した。 院政は朝廷の法体系の枠外の仕組みであり、 禁中並公家諸法度に基づく幕府の統制の手が届かなかったからである。 実は先代の後水尾法皇の院政にも幕府は反対であったが、 幼少の天皇が続いたことに加えて、2代将軍徳川秀忠の娘である法皇の中宮・東福門院がこれを擁護したために黙認せざるを得なかったのであるが、 霊元上皇が同様のことを行うことを許す考えはなかった。 直ちに幕府は院政は認められないとする見解を朝廷に通告するものの、 上皇はこれを黙殺した。 だが、朝廷内にも強い反対派が存在した。 左大臣近衛基熙である。 彼は幕府と連携してこの朝廷と幕府の決裂という事態を防ごうとしたが、 上皇にはこうした動きをする基熙を「親幕派」とみなして激しく嫌った。 また、東山天皇の大嘗祭に対しても基熈は財源不足と準備不足を理由に反対したが、 更に神仏分離を唱える垂加神道を支持してその教義に基づく大嘗祭を行おうとする一条冬経と神仏習合を唱える吉田神道を支持する近衛基熈という対立構図も存在していた。 だが、元禄6年（1693年）に一条冬経が辞任すると、 後任関白の候補は近衛基熙しかおらず、 やむなく基熙を関白に任じた。 だが、将軍徳川綱吉もまた個人的に基熙を嫌っていたために霊元院政に代わる近衛基熙体制も容認しがたく、 幕府と関白が連携して院政（仙洞御所において行われる政治）を抑えるまでには至らなかった。 元禄7年（1694年）、 東山天皇の成長を理由として政治の実権を天皇に移すことを宣言する。 だが、東山天皇は今まで上皇が全てを握って自分が無力であったことに不満を抱いており、 近衛基熙の補佐を得て親政を開始して幕府との関係改善をはかった。 一方、幕府もこの動きを歓迎して天皇親政の支援に動き出した。 それは綱吉が近衛基熙を嫌う一因となっていた徳川家宣（綱吉の甥で基熙の娘婿）と和解して自己の後継者に指名したことで拍車がかかった。 一方、霊元上皇も近衛基熙に不満を抱く他の摂家と連携してしばしば東山天皇、 またその後の中御門天皇の治世に掣肘を加えた。 宝永6年（1709年）、院政を開始していた東山上皇が急逝し、 近衛基熈も太政大臣を辞任すると、霊元上皇の院政が再開される。 上皇は基熈の息子である近衛家熈を次の太政大臣とした。 正徳2年（1712年）8月、家煕の娘である尚子を中御門天皇の女御にすることを許した。 同月、徳川家宣が急逝すると、 幕府の要請で後継者である鍋松のために「家継」の名を与えた。 その後、皇女八十宮吉子内親王と家継の婚約を実現させたが、 こちらは家継死去のために挫折した。 再開した院政では近衛家への厚遇と幕府との連携に転じたことで、 近衛基熈や幕府内の上皇への不満が和らいでいった[3]。 後水尾天皇と並んで長期に亘って院政（仙洞御所において行われる政治）を行い、 朝廷政治に重きをなした。 正徳3年（1713年）8月に落飾して法皇となる。 法名は素浄。これ以降、天皇が法皇になった例は無く、最後の法皇となった。 享保2年（1717年）、 幼年を理由に行われてこなかった（霊元上皇・法皇が代わりに行って来た）中御門天皇の四方拝実施と共に院政は終了する[4]。 享保17年（1732年）8月に崩御、 享年78。
霊元天皇は、兄後西天皇より古今伝授を受けた歌道の達人であり、 皇子である一乗院宮尊昭親王や有栖川宮職仁親王をはじめ、 中院通躬、武者小路実陰、烏丸光栄などの、 この時代を代表する歌人を育てたことでも知られている。 後水尾天皇に倣い、 勅撰和歌集である新類題和歌集の編纂を臣下に命じた。 また、桃山から江戸期にかけての歴朝で後陽成天皇と並ぶ能書の帝王でもある。 霊元院の自筆の書は、近臣の手を経て、 柳沢家などの極限られた大名家に伝世し、 家宝として相伝されている。 有栖川流書道は、この天皇の書風から派生したことでも知られる。
遺詔により、孝霊天皇・孝元天皇の諡号を採って「霊元院」と追号される。 大正以後は「霊元天皇」と表記される。 また、下御霊神社の出雲路信直・直元父子は霊元天皇と親交があった（天皇は退位後に修学院山荘への行幸中、下御霊神社に立ち寄っている）が、 崩御の際に直元に対して自分を神として祀るように秘かに伝えた。 直元は一条兼香と相談して、 天皇を「天中柱皇神」の神号で下御霊神社の相殿に祀られた。 なお、出雲路信直は山崎闇斎から垂加神道を伝授された直弟子で、 一条冬経（兼輝）・兼香は垂加神道の理解者であったことから、 霊元天皇もその影響を受けた可能性があると言われている。
陵（みささぎ）は、宮内庁により京都府京都市東山区今熊野泉山町の泉涌寺内にある月輪陵（つきのわのみささぎ）に治定されている。宮内庁上の形式は石造九重塔。 また皇居では、皇霊殿（宮中三殿の1つ）において他の歴代天皇・皇族とともに天皇の霊が祀られている。