宇多天皇の若年時からの妻は藤原胤子・橘義子などで、
宇多天皇が臣籍降下し源氏となっていた頃に生まれた第一皇子敦仁親王(後の醍醐天皇)・第二皇子斉中親王・第三皇子斉世親王は生誕時は源氏であった。
女御藤原温子は関白藤原基経の娘で、
宇多天皇即位後に入内した。
女御藤原胤子が病没後、
皇太子敦仁親王の養母となり、
醍醐天皇即位に伴い、
皇太夫人となる。
晩年は東七条宮(亭子院)に住んだため、東七条后、七条后とも呼ばれた。
橘義子所生の斉世親王は、
菅原道真の女を妻としたことから、
後年菅原道真の誣告に際してその名が取り沙汰された。
また女御菅原衍子は道真の女である。
宇多天皇の孫は、
ほとんどが源氏の姓を賜り、
臣籍降下した。
宇多天皇から出た源氏を宇多源氏といい、
敦実親王から出た系列が最も栄えた。
敦実親王の子源雅信は左大臣を務め、
その娘倫子は藤原道長の正室となり、
上東門院(一条天皇の中宮藤原彰子)や関白藤原頼通の母となった。
朝廷貴族としての地位を維持した子孫としては、
公家の庭田家や綾小路家(ともに羽林家)などがあり、
また雅信から近江に土着した武家の佐々木氏が出ている。
『大和物語』において、 宇多天皇は亭子院、 敦慶親王は故式部卿の宮、 依子内親王は「女五のみこ」、 孚子内親王は「桂のみこ」としてそれぞれ登場する。
通説では譲位後の在所の名称より宇多天皇と追号されたと言われているが、実際の居宅は仁和寺・亭子院・六条院を主としていたという(宇多院は元は父の光孝天皇の親王時代の邸宅で、宇多天皇はここで成長したからだという説もある)。 また、寛平法皇、亭子院(ていじのいん)、朱雀院太上天皇などの名称でも呼ばれた。
陵(みささぎ)は、宮内庁により京都府京都市右京区鳴滝宇多野谷にある大内山陵(おおうちやまのみささぎ)に治定されている。宮内庁上の形式は方丘。
火葬後、拾骨のことがないまま土を覆って陵とされた。所在は早く失われ、江戸時代末になって現在の大内山陵に治定された。
また皇居では、皇霊殿(宮中三殿の1つ)において他の歴代天皇・皇族とともに天皇の霊が祀られている。