状況：40便は
EDT14時39分頃にエルマイラ・コーニング地域空港の滑走路24から離陸した。
5分後、40便は管制から高度
16,000フィートまで上昇することを許可された。
その9分後、ペンシルベニア州のマンスフィールドから南に向かって飛行中に、
40便の尾翼の大きな破片が機体から分離して胴体から炎と煙が出ているのを複数人が目撃した。
その後40便は制御不能となり、
未舗装の道路のみが通っていた森林地域に墜落した。
地上の死傷者は出なかったものの、
この事故で40便の乗員乗客34人全員が死亡した。
事故後にニューヨークの管制がパイパー PA-23を40便の遭難地点の上空に向かわせたところ、
同機のパイロットは炎上している飛行機の残骸を視認したと報告した。
40便は91m×460mの範囲の木々をなぎ倒した。
また、40便の尾翼は墜落地点から370m離れた地点で発見された。
事故の目撃者の中には炭鉱の作業員もおり、
彼らはすぐにブルドーザーを使用して
1.5マイル離れた事故現場まで2本の道路を通した。
事故直後、モホーク航空の社長はFBIによる調査を要求した。
社長はFBI長官へ宛てた電報の中で「事故の犠牲者の近親者への通知の過程で、40便に対する妨害行為を強く示唆する証拠が得られた。モホーク航空はFBIに妨害工作の可能性を調査するよう正式に要求する」と述べた。
しかし、社長はその「証拠」の内容には触れなかった。