西暦1950年、
加美郡中新田町（現・加美町）生まれ。
子供時代に土器を拾い、
古代に憧れを持つ。
仙台育英高等学校卒業後、
東北電力子会社の東北計器工業へ就職。
工員時代に考古資料に興味を持つようになり、
休日を利用して石器収集を始め、
西暦1973年には、
「宮城県古川市馬場壇発見の文字瓦」（共著、『遮光器』7、pp.18-21、みちのく考古学研究会）において線刻文字瓦を資料紹介した。
翌
西暦1974年（昭和49年）以降は、
江合川流域の石器を中心とした踏査を始め、
西暦1975年（昭和50年）には、
この時の仲間を主力とする石器文化談話会が結成され、
石器探しの名人として活動した。
発見効率が驚異的に高いことから、
仲間内では「神の手」の異名を馳せた。
日本の旧石器時代史の争点であった前期・中期旧石器時代の遺跡を「発見」し、
西暦1992年（平成4年）には民間の東北旧石器文化研究所設立に参加、
同年9月、
在野の考古学研究者を対象にした相沢忠洋賞（第1回）を受賞（事件後返上）した。
また、
西暦1995年（平成7年）には、
東北旧石器文化研究所も同賞（第4回）を受賞（事件後返上）した。
秩父原人の遺構を発見した功績により、
埼玉県知事より表彰もされた（のちにこれも捏造と発覚）。
西暦1999年（平成11年）に会社を退職し、
同研究所職員となる。
同研究所は
西暦2000年（平成12年）8月には、
特定非営利活動法人として認証（
西暦2004年1月解散）され、
副理事長として活動した。
捏造事件発覚まで、
藤村は旧石器時代の上限を十万年単位で遡らせるとされた発見・研究報告を次々とあげ、
日本の前期・中期旧石器時代研究のトップグループの一人と見なされていた。
発見効率のあまりの良さや発見の様態が不自然であるとする意見、
藤村をはじめとする東北旧石器文化研究所の「業績」への疑義等は元からあったが、
学会では少数派であり、
考古学界はこうした意見をほとんど軽視、
または傍観してきた。
藤村が所属する団体の調査結果に疑念を抱く考古学関係者もいたが、
そのことを指摘する人は少なかった。
発掘現場での藤村の不審な行動に疑念を持った人からの情報提供に基づき、
毎日新聞北海道支社がチームを編成しての取材に着手した。
発掘の現場に張り込みを行い、
藤村があらかじめ石器を遺跡に埋め込み仕込んでいる様子の写真・ビデオ撮影に成功した。
その後、
本人への直接の取材と捏造の確認を経て、
西暦2000年11月5日の朝刊で報じた。
それが発端となり、
それまでの業績のほとんどが捏造であることが判明し、
日本からは確実といえる前期・中期旧石器時代の遺跡が消滅した。
このため、
過去四半世紀に及ぶ日本の前期・中期旧石器時代研究のほとんどが価値を失い、
周知の遺跡（埋蔵文化財包蔵地）の抹消・検定済教科書の書き直しなど、
多大な影響が生じた。
彼が捏造にかかわった遺跡は宮城県が中心であるが、
調査の指導などで呼ばれた北海道から関東地方まで広い範囲で捏造を行っていた。
藤村に対する告発も検討されたが、
現行法では罪に問うのは難しいとして見送られた。
西暦2003年（平成15年）に福岡県の考古学者が偽計業務妨害の疑いで告発したが、
仙台地方検察庁は証拠不十分として不起訴処分にした。
事件後、
藤村は松島町の瑞巌寺の修行専門道場に11月末まで数週間滞在。
その後は福島県の精神病院にしばらく入院していたが、
病状を理由に入院先の詳細は公開されなかった。
またこれまで戸沢充則（明治大学名誉教授、日本考古学協会特別委員〈当時〉）が面会して捏造事件を引き起こした理由その他について告白を得た他は、
病状悪化を理由に面会謝絶の状態が続いていた。
西暦2001年（平成13年）2月には妻と離婚。
家族は事件を原因として激しい嫌がらせを受けていたという。
事件後に解離性同一性障害を発症し、
障害者認定を受ける。
一方、
西暦2003年に入院先で知り合った女性と再婚している。
また、右手の人差し指・中指を斧で自ら切断した。
藤村の弁によれば、
「功名心から捏造を始めたものの、
『神の手』などともてはやされるようになり、
プレッシャーから捏造を続けてしまった」とのことである。
さらに当初は、
捏造は一部と思われていたが、
捏造の範囲が相当に広いことが判明し、
世論は厳しさを増した。
後に福島県の障害者就労支援のNPOに勤務した。
西暦2010年の取材で、
捏造に関する記憶は事件後の精神疾患により残っていない旨を述べている。
当時の関係者らとの連絡も絶っているという。
2019年の取材でも事件のことについては「忘れた」とし、
「思い出そうとすると気持ち悪くなる」と語っている。